氣流超微粉碎機制造超細粉體的安全問題包括可能導致呼吸性塵肺病和粉塵爆炸。氣流超微粉碎機碎樣所得的粉塵粒徑基本在5μm以下，而5μm以下的粉塵對人體的危害最大。因此，使用氣流超微粉碎機碎樣操作者患塵肺職業病的幾率會明顯增加。同時粉塵大規模地散布于空氣中形成粉塵云后，還有可能發生粉塵爆炸。因為氣流超微粉碎機碎樣過程中未捕獲的粉塵粒子具有合適的粒徑和分布狀態：一般粒徑小于5μm，在空氣中的分散穩定性好，極易達到爆炸極限。粉塵爆炸的后果也是極其嚴重的。
　　如果在這些粒子周圍有足夠助燃空氣并具備其最小點火能，那么就容易發生粉塵爆炸。而且由局部粉塵云爆炸產生的沖擊波使大量的沉積粉塵飛揚并與空氣混合，還有可能形成二次爆炸。由于粉塵爆炸具有能量大、破壞嚴重、爆發時間短等特點，容易引起不完全燃燒，從而產生大量一氧化碳氣體使人員中毒。因此，粉塵爆炸的后果也是極其嚴重的。
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